A cette époque, le souci du jeune Etat indépendant était l’industrialisation et le développement économique. Le rôle économique de la Douane devenait alors remarquable. Ainsi, la douane est devenue très complexe, aussi complexe que l’économie qu’elle a la charge de protéger et de promouvoir ; ce qui ne diminue en rien son rôle de pourvoyeur des caisses de l’Etat. La conséquence de ce rôle fiscal est que le Service des Douanes Béninoises dépendait du Ministère des Finances dont il était l’une des grandes Directions. L’application du principe de la séparation des fonctions d’ordonnateur et de comptable a eu pour conséquence, la délimitation des compétences de la Douane.
En effet, avant 1970, l’Administration des Douanes procédait à la liquidation des droits et taxes qui dès lors étaient recouvrés par le Trésor Public. Ainsi, après la liquidation des droits et taxes, les usagers devaient se rendre au Trésor Public pour payer le montant liquidé. Le rendement de ce système a été médiocre et en 1970, le Gouvernement a fait des unités douanières, des postes comptables secondaires, le comptable principal étant le Trésor Public à qui toutes les unités douanières devaient rendre compte de leurs perceptions budgétaires. A partir de ce moment, les unités douanières sont dotées d’une caisse pour le recouvrement des droits et taxes.
A partir de 1977, avec la conjoncture politique caractérisée notamment par l’agression du 16 Janvier 1977, les Autorités politiques ont estimé qu’il fallait augmenter la capacité de défense du pays. C’est ainsi que tous les corps paramilitaires ont été d’office intégrés aux Forces Armées Populaires (FAP) par l’Ordonnance N° 77-14 du 25 mars 1977 portant création des Forces Armées Populaires du Bénin. La Douane est donc devenue un des Commandements des Forces de Sécurité Publique avec comme dénomination le »Commandement des Régions Douanières’ ‘ (CRD). De ce fait, si organiquement la Douane relevait du Ministère de la Défense Nationale, elle demeure fonctionnellement sous la tutelle du Ministère des Finances qui l’emploie. Cette double tutelle a été réglementée par l’Arrêté N° 543/MFE/DGM/DCF/DDI du 08 novembre 1985 portant attributions, organisation et fonctionnement du Service des Douanes qui précise les domaines d’intervention de chaque Ministère de tutelle.
Mais malheureusement, la double tutelle a créé plus de problèmes qu’elle n’en a résolus. C’est ainsi que l’autorité des Chefs hiérarchiques était paradoxalement bafouée à tous les niveaux. Le trafic d’influence favorisait une autre forme de fraude ; ce qui permettait aux agents resquilleurs de se procurer des avantages ou promotions auxquels ils n’ont pas droit.
Toutes ses difficultés qui ont dangereusement entamé la rentabilité du Service des Douanes ont été analysées dans toutes leurs dimensions lors des historiques journées de réflexion des Agents des Douanes tenues les 25 et 26 novembre 1989. Les conclusions de ses journées de réflexion ont fait ressortir clairement la tendance générale qui veut que l’Administration des Douanes revienne sous la seule tutelle du Ministère des Finances afin de lui éviter les tiraillements, tracasseries et déchirements, toutes choses nuisibles à la bonne marche du Service. A la faveur du renouveau démocratique, la Conférence Nationale des forces vives, tenue en Février 1990, a également diagnostiqué les maux dont souffre le Bénin et a exigé, entre autres, que la Douane ne relève plus que du Ministère des Finances à cause de ses rôles fiscal et économique qui, du reste, prédominent sur toute autre considération, notamment la Défense Nationale. C’est ce qui s’est réalisé depuis le mois de Juillet 1990.
De même, l’Administration des Douanes s’est engagée depuis 1991 dans un vaste programme d’informatisation de ses procédures. C’est ainsi que la gestion des grandes fonctions de l’activité de dédouanement a été assurée successivement par le SYDONIA dans sa version 1 de 1991 à 1994, version 2 de 1994 à 2003, version 3 (SYDONIA ++) de Août 2003 à Décembre 2014 et actuellement sa version 4, le SYDONIA WORLD depuis le 1er janvier 2015.
Cette gestion informatisée a sérieusement amélioré la qualité des prestations de service par la simplification des procédures, la réduction des délais et un service aux usagers de mieux en mieux apprécié.
Par ailleurs, face à l’étroitesse des marchés et les difficultés économiques qu’elle engendre, la nécessité de regroupement économique se faisait de plus en plus sentir et le Bénin est l’un des premiers pays à œuvrer pour la création d’un espace économique favorable aux échanges. Les nombreuses concertations ont conduit à la création, le 28 Mai 1975, d’un nouveau marché commun : la Communauté Economique des Etats de l’Afrique de l’Ouest (CEDEAO) dont le Bénin fait partie des pères fondateurs.
Les difficultés de fonctionnement harmonieux de la CEDEAO ont conduit les pays ayant déjà en commun le franc CFA à renforcer leur coopération sur le plan économique par la création d’un autre marché commun d’intégration en 1994 : l’Union Economique et Monétaire Ouest Africaine (UEMOA) dont le Tarif Extérieur Commun (TEC) a été mis en application au Bénin le 31 Janvier 2000.
Ainsi, l’histoire de la Douane béninoise, à travers les âges, reflète le parcours d’une Administration qui, restée pendant longtemps au service exclusif du protectionnisme et du renflouement des caisses de l’Etat, évolue vers de nouvelles formes d’interventions qui tendent à en faire, parallèlement à sa mission traditionnelle de surveillance, un facteur d’incitation et de promotion économique. Elle est accompagnée dans cette vocation par ses partenaires dont les deux principaux sont la France et le Canada, à qui nous devons un hommage mérité.